Nesse filme vemos Alex e sua turma agora fora de Madagascar, depois de uma tentativa frustrada de voltar para Nova Iorque. Sem dúvida uma das seqüências mais esperadas pelo fãs de animação.A sequela do primeiro filme, em New York Zoo Animais, Alex o Leão, a zebra Marty, Melman a Girafa e Glória do Hippo, ainda parar em Madagascar, começou a abandonar a ilha. De repente, eles desembarcaram no deserto da África. Lá, Alex breve cumprir o resto da sua família e começa a ter problemas de comunicação com eles depois de muito do seu tempo no Zoológico do Central Park.